Sjóflokkur hefur umsjón með bátum og öðrum búnaði í eigu sveitarinnar sem kemur að björgun á og í sjó. Árlega verða fjöldi útkalla sem sjóflokkurinn bregst við. Í flokknum starfa um 30 manns sem eru með fundi á þriðjudagskvöldum og æfa annan hvern sunnudag en taka auk þess fullan þátt í reglubundnu starfi sveitrarinnar á mánudagskvöldum.
Í samning milli Flugmálastjórnar, SHS og SL er sveitin tilgreind sem fyrsti viðbragðsaðilli verði flugslys í sjó á flugsvæði yfir höfuðborgarsvæðinu. Sjóflokkurinn gegnir þar gríðarlega mikilvægu hlutverki.
Á Landsþingi Slysavarnafélagsins Landsbjargar á Akureyri 2005 skrifuðu forsvarsmenn SL og LHG undir samstarfs samning. Björgunarsveit Hafnarfjarðar hefur síðan aðstoðað flugdeild LHG við æfingar. Frá 2005 hafa verið haldnar rúmlega 20 æfingar á ári með flugdeild LHG og sjóflokks.
Allir fullgildir félagar í Björgunarsveit Hafnarfjarðar geta starfað í sjóflokk. Til þess að vera á útkallskrá hjá sjóflokk þarf að hafa lokið slöngubátanámskeiði hjá Björgunarskóla Slysavarnafélagsins Landsbjargar og STCW námskeiði Slysavarnaskóla sjómanna